สำนักข่าวฟาร์สของรัฐอิหร่าน ซึ่งใกล้ชิดกับกองกำลังพิทักษ์ปฏิวัติ รายงานว่า เมื่อวันที่ 16 มิถุนายน เกิดเหตุระเบิด 6 ลูก โจมตีทั้งจุดเข้าและออกของสถานที่ใต้ดินลับแห่งหนึ่งในกรุงเตหะราน ซึ่งเปเซชเคียนกำลังเข้าร่วมการประชุมฉุกเฉินของสภาความมั่นคงแห่งชาติสูงสุด ส่งผลให้ประธานาธิบดีอิหร่าน มาซูด เปเซชเคียน แห่งอิหร่านได้รับบาดเจ็บเล็กน้อยที่บริเวณขา ขณะหลบหนีผ่านช่องทางฉุกเฉิน
วิดีโอที่โพสต์บนโซเชียลมีเดียระหว่างสงคราม 12 วัน เผยให้เห็นการโจมตีอย่างต่อเนื่องในเขตภูเขาทางตะวันตกเฉียงเหนือของเตหะราน ไฟฟ้าที่ใช้ในโรงงานก็ถูกตัดเช่นกัน แต่ทีมอารักขาก็สามารถพาตัวผู้นำเปเซชเคียนออกจากสถานที่ที่โดนโจมตีได้ อย่างไรก็ตาม รายงานดังกล่าวขาดการตรวจสอบอย่างอิสระจากสำนักข่าวต่างประเทศ และรัฐบาลอิสราเอลยังไม่ได้ออกมารายงานใด ๆ เกี่ยวกับการโจมตีเมื่อเดือนที่แล้ว
ทั้งนี้ คณะกรรมการความมั่นคงแห่งชาติสูงสุดเป็นองค์กรที่มีอำนาจตัดสินใจสูงสุดของอิหร่าน รองจากผู้นำสูงสุด อยาตอลเลาะห์ อาลี คาเมเนอี โดยสัปดาห์ที่แล้ว ประธานาธิบดีเปเซชเคียน กล่าวหาอิสราเอลว่าพยายามฆ่าเขา ซึ่งข้อกล่าวหาดังกล่าวถูกปฏิเสธโดยอิสราเอล คาตซ์ รัฐมนตรีกลาโหมอิสราเอล โดยเขากล่าวว่า "การเปลี่ยนแปลงระบอบการปกครอง" ไม่ใช่เป้าหมายของสงคราม
ก่อนหน้านี้ อิสราเอลสังหารผู้บัญชาการกองกำลังพิทักษ์การปฏิวัติอิหร่าน (IRGC) และผู้บัญชาการกองทัพระดับสูงจำนวนมากในช่วงเริ่มต้นสงคราม ผู้นำอิหร่านยอมรับว่า พวกเขาไม่ได้คาดคิดมาก่อนว่าอิสราเอลจะเริ่มปฏิบัติการอันอุกอาจในครั้งนั้น กว่าที่จะมีปฏิบัติการตอบโต้ก็กินเวลาเกิน 24 ชั่วโมงไปแล้ว แต่เจ้าหน้าที่อิสราเอลยอมรับว่าก็ยอมรับว่าผู้นำสูงสุด คาเมเนอี ก็เป็นเป้าหมายเช่นกัน แต่พวกเขาไม่สามารถติดตามตัวเขาได้ เนื่องจากเขาถูกพาไปซ่อนยังสถานที่ลับซึ่งค่อนข้างตัดขาดจากโลกภายนอก
เมื่อวันที่ 13 มิถุนายน อิสราเอลได้เปิดฉากโจมตีคลังอาวุธนิวเคลียร์ และฐานทัพของกองทัพอิหร่านแบบกะทันหัน โดยอ้างว่า การกระทำดังกล่าวเป็นการป้องกันไม่ให้เตหะรานผลิตอาวุธนิวเคลียร์ อิหร่านซึ่งตอบโต้ด้วยการโจมตีทางอากาศต่ออิสราเอล ปฏิเสธว่าไม่ได้พยายามพัฒนาอาวุธนิวเคลียร์ และระบุว่าการเสริมสมรรถนะยูเรเนียมของอิหร่านเป็นไปเพื่อสันติภาพ
สัปดาห์ที่แล้ว เปเซชเคียนกล่าวในการให้สัมภาษณ์กับทักเกอร์ คาร์ลสัน สื่ออเมริกันว่า อิสราเอลพยายามลอบสังหารเขา โดยกล่าวว่า “พวกเขาพยายามแล้ว ใช่...แต่ล้มเหลว” นอกจากนี้ ยังกล่าวว่า “ไม่ใช่สหรัฐอเมริกาที่อยู่เบื้องหลังความพยายามลอบสังหารผม แต่เป็นอิสราเอลต่างหาก ผมอยู่ในที่ประชุม... พวกเขาพยายามโจมตีพื้นที่ที่เราจัดการประชุมครั้งนั้น”
การโจมตีของอิสราเอลเกิดขึ้นสองวันก่อนที่เตหะรานและวอชิงตันจะพบกันเพื่อหารือเรื่องนิวเคลียร์รอบใหม่ ส่งผลให้การเจรจาที่มุ่งหวังจะบรรลุข้อตกลงเกี่ยวกับโครงการนิวเคลียร์ของอิหร่านต้องหยุดชะงัก มูลนิธิผู้พลีชีพและกิจการทหารผ่านศึกของอิหร่าน รายงานว่า มีผู้เสียชีวิตในอิหร่านอย่างน้อย 1,060 รายระหว่างความขัดแย้งดังกล่าว
ขณะที่ อิหร่านโจมตีสำนักงานใหญ่ของกองทัพและหน่วยข่าวกรองของอิสราเอลด้วยขีปนาวุธและโดรน ส่งผลให้มีผู้เสียชีวิต 28 รายในอิสราเอล ก่อนที่สหรัฐฯ จะเจรจาหยุดยิง